一種基于Yarn云平臺的基因啟發式多序列比對算法
所屬分類:技術論文
上傳者:wwei
文檔大小:4376 K
標簽: 生物數據 并行計算 分布式計算架構
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文檔介紹:提出一種基于Yarn云平臺的基因啟發式多序列比對算法。建立核酸替換等價矩陣作為基因啟發式數學模型,構建Yarn云平臺邏輯架構,通過對基因數據預處理、基因數據存儲、基因序列比對、基因數據管理、基因數據分析等步驟,對數據分類保存,劃分錯誤率較高的長序列,得到多個較短的基因片段。對不同片段實施定位,將其中的變長種子生成,進行骨架構建和孔隙填補,可以實現基因啟發式多序列比對。結果表明,設計的算法在不同數據集下處理時間縮短,多序列比對SP(Sum of Pairs)的分值較高,實驗驗證了該多序列比對方法具有很好的應用價值。
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